Весной 1906 года С. Н. Власьева призывают в только-только сделанный учебный отряд подводников. Он становится командиром подводной лодки «Макрель», а в 1907 году воспринимает и подводную лодку «Пескарь».
В конце 1907 года, отвечая на критику идеи сотворения подводного флота, исходящую от ряда высших флотских офицеров, Власьев выступил с докладом «Отчет командира подводной лодки „Пескарь“ о плаваниях и маневрах», в каком приводил серьёзные резоны в пользу предстоящего развития подводного флота. Идеи, высказанные Власьевым в докладе, отыскали поддержку в лице виднейшего российского судостроителя, академика А. Н. Крылова и в 1907 году он стал командиром новой подлодки «Акула», принимая конкретное роль в проектировании её минного вооружения. С. Н. Власьеву принадлежит целый ряд разработок методик ведения подводного боя и группового использования подлодок в боевых операциях флота.
В годы Первой мировой войны, командуя «Акулой», Власьев сделал несколько самостоятельных боевых операций. 1-ая атака «Акулы» произошла 26 августа 1914 года. Подлодка торпедивала в направлении приближающихся неприятельских миноносцев, что охладило их пыл и принудило отрешиться от атаки. В 1915 году по приказу командующего Балтийским флотом С. Н. Власьев был награждён орденом «За хорошее несение дозорной службы в районе боевых действий», после этого был назначен командиром 5-ого дивизиона подлодок Балтфлота. В августе 1915 г. С.Н. Власьев был переведён на Черноморский флот, в транспортную флотилию, а в 1916 году — в 1-й Балтийский флотский экипаж.
В Штатскую войну Власьев присоединился к Добровольной армии, действовавшей на юге Рф. С ноября 1918г.он возглавил морскую оборону отдельной одесской добровольной бригады. В январе 1919г. в Одессе в процессе объявленного главнокомандующим ВС Юга Рф формирования второго отряда речных судов его начальником назначается создатель идеи – капитан 2 ранга С. Н. Власьев. С февраля по июнь Власьев был занят комплектованием и дооснащением судов вновь образованного отряда. После того как речной отряд был расформирован, а заместо него был сотворен дивизион речных катеров, капитан Власьев принял командование французскими миноносцами «Беспокойный» и «Капитан Сакен», после этого перешёл на линейный корабль «Генерал Алексеев». В июле 1920г. С. Н. Власьев был повышен до капитана 1 ранга.
В ноябре 1920г. Власьев, будучи членом Союза российских морских офицеров, покинул Крым, оказавшись в Константинополе, а в ноябре 1922 года капитан отправился в собственный последний большой переход: он повёл рек