Нанотехнологии можно использовать в военном деле и не прибегая к созданию роботов. Например, как ещё в 2004 году писали сотрудники Foresight Institute, становится возможным создание бомбы-маховика. Дело в том, что с развитием нанотехнологий станет возможным создание супермаховика. Максимальная скорость вращения обычного маховика ограничена прочностью его обода (и диаметром маховика) и у современных маховиков может достигать 2 км/сек. Для этого обод делается из прочной углеродистой ленты. С развитием материалов из нанотрубок, подобных тросу для космического лифта, можно будет достигать скоростей вращения обода порядка 100 км/сек. Такая кольцевая лента должна быть подвешена в магнитном поле в вакууме для избежания трения. Накопленная энергия в таком маховике будет в сотни раз превышать энергию химического сгорания топлива той же массы. В России такие проекты разрабатывает Н.Гулиа.
Однако любым накопителям энергии свойственно терпеть аварии. При аварии супермаховика может выделится несколько тонн энергии в тротиловом эквиваленте, кроме того, вся эта энергия будет выпущена в узкой плоскости вращения и фактически разрежет пополам окружающие здания. Чтобы избежать рисков разрыва, современные маховики прячут под землю. В результате суммарный ущерб от взрыва маховика может быть сравним со взрывом небольшой атомной бомбы. И такое устройство может сделать человек с помощью домашней нанофабрики без использования редких материалов.
Нанотехнологии позволят создавать сверхпрочную броню, что в принципе возможно использовать для создания убежищ.
Кроме того, некие нанотехнологические изделия могут обладать высокой токсичностью, как сами по себе, так и будучи носителями неких ядов или оболочками для вирусов. (Например, разные комбинации нанотрубок и фуллеренов).