Ликвидация наводнений на Средней и Нижней Оби и в нижнем течении Иртыша — технически очень сложная и огромная по масштабам инженерная задача. Ее решение возможно только при осуществлении хотя бы сезонного регулирования стока обеих рек. Масштабы и сложность этой задачи определяются прежде всего колоссальными размерами речных бассейнов, громадной протяженностью рек, очень большой их водоносностью и обилием многоводных притоков. Объем среднегодового стока реки Оби в устьевой части составляет примерно 400 куб. км. Поэтому постройка на реке, у Новосибирска, ГЭС с водохранилищем сезонного регулирования практически не оказала никакого влияния на режим стока в ее среднем и нижнем течении. На режиме уровней высоких вод в нижнем течении Иртыша существенно не отразилась и постройка Бухтарминской ГЭС с крупным водохранилищем многолетнего регулирования стока.
Угроза высоких наводнений на Средней и Нижней Оби существенно уменьшится с постройкой Чулымского и Каменского гидроузлов на Оби и Бычегорловского — на р. Томь. Чулымский гидроузел с водохранилищем сезонного регулирования стока позволит устранить угрозу наводнений в пойме и долине Оби на протяжении 700 км, провести в широких масштабах осушение поймы и долины и значительно улучшить на них условия добычи нефти и газа.
Постройка ГЭС у г. Камень и водохранилища при ней еще больше снизит уровни высоких вод на Средней Оби. Каменское водохранилище облегчит также обводнение и орошение Кулун-динской степи и прилегающих к ней районов Казахстана, где водами Оби можно оросить около 2 млн. га плодородных земель.
Решить проблему борьбы с наводнениями на притоках Оби (Иртыше, Томи, Бии и Катуни) можно путем строительства на них ГЭС с крупными водохранилищами комплексного назначения. Создание каскада водохранилищ на Томи позволит не только уменьшить высоту наводнений в ее долине, но и улучшить — водоснабжение городов и промышленных объектов Кузбасса, санитарное состояние реки.
Угрозу наводнений на р. Тобол (левый приток Иртыша) и его притоках Тавде, Туре и Исети может снять сезонное регулирование стока, проведенное в широких масштабах.
Угроза наводнений на Енисее уменьшается по мере его энергетического освоения и строительства на нем крупных водохранилищ. Уже ощущается благоприятное влияние на режим высоких вод водохранилищ Иркутской, Братской и Усть-Илимской ГЭС на Ангаре и Красноярской на Енисее.
Гидроэлектрические станции Ангаро-Енисейекого каскада, обладая водохранилищами многолетнего регулирования стока, позволят управлять водами Ангары и Енисея. С их помощью можно будет исключить совпадение пиков половодий на этих реках в месте их слияния и тем самым избавить от наводнений г. Енисейск и примыкающий к нему район. Строительство высоконапорных плотин на Енисее и его притоках приведет к устранению и зимних наводнений заторно-зажорного происхождения.